木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特異性蛋白水解酶，地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內(nèi)。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶等特點，因此在食品、飼料、日化、皮革及紡織等行業(yè)得到應(yīng)用。

餅干、面包、面條的生產(chǎn)與加工——餅干：降低面筋，可塑性強，親性好，不收縮變形，層次較多，酥松爽口，柔潤光亮。面包：增加容積，松軟和食感變好，保存時間變長。掛面：硬直，風(fēng)味好。

主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白質(zhì),避免冷藏后引起的渾濁)、肉類軟化(水解雞肉蛋白和膠原蛋白,使肉類嫩化)、谷類預(yù)煮的準(zhǔn)備、水解蛋白質(zhì)的生產(chǎn)。利用木瓜蛋白酶的酶促反應(yīng),可把食品中分子的蛋白質(zhì)水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸。