木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特異性蛋白水解酶，地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內(nèi)，。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶等特點，因此在食品、飼料、日化、皮革及紡織等行業(yè)得到應(yīng)用。

餅干、面包、面條的生產(chǎn)與加工——餅干：降低面筋，可塑性強，親性好，不收縮變形，層次較多，酥松爽口，柔潤光亮。面包：增加容積，松軟和食感變好，保存時間變長。掛面：硬直，風(fēng)味好。啤酒、果汁飲料澄清劑——保持產(chǎn)品澄清穩(wěn)定，防渾濁和去渾濁，在啤酒麥汁制造中，對麥芽的糖力有明顯的提高，能加快過濾使濾渣較爽。

利用木瓜蛋白酶的酶促反應(yīng), 將面團的蛋白質(zhì)降解為小分子的膚或氨基酶, 降低了面團的拉伸阻力, 使面團變得柔軟、更有可塑性, 減少彈性, 易于成型。